推理ファイル

小学館の学習雑誌『小学四年生』にて連載されており、単行本はてんとう虫コミックスにて発刊。原作とは一線を画したオリジナルストーリーで、アニメ化されたことは第86話の「誘拐現場特定事件」、第113話「白い砂浜殺人事件」の2度しかない。原作者・青山剛昌は原案となり、作画は以下の3組にて行われている。なお、1997年度から2009年度までは『小学五年生』・『小学六年生』でも連載されており、2010年度に新創刊された小五・小六の後継誌『GAKUMANplus』では学習漫画「名探偵コナン 推理ファイル」が連載されている。
山岸栄一
青山のアシスタントであり、最も原作に近いと言われる。原作でもモブキャラを描いている。アニメ化された2エピソードは、どちらも山岸のもの。原作では蘭や小五郎、少年探偵団ら他の人物と行動をともにすることが多いコナンだが、山岸の作品ではコナンが単独で行動し、事件を解決していく場合が多い。「推理ファイル」の単行本としては『環境の謎』を執筆。
阿部ゆたか・丸伝次郎/プロット：平良隆久
絵が少女漫画に近い。しばしばキャラクターの設定が原作とずれていることがある。また、最近では服部平次など準レギュラーキャラも登場するようになった。2010年には特別編としては初めてコンビニコミック版が発売された。「推理ファイル」の単行本としては『地球の謎』『日本史の謎』1 - 4巻、丸伝次郎のみで『江戸の謎』『エジプトの謎』を執筆。特別編に登場したオリジナルキャラも登場する。
太田勝と江古田探偵団 → 太田勝・窪田一裕
山岸、阿部・丸版と異なり初期から服部平次や怪盗キッドなど原作のキャラが多く登場しており、特に少年探偵団の出番が多い。また、窃盗などの殺人以外の事件や、事件ではなくコナン達が謎解きのイベントやゲーム感覚の暗号に挑戦する回もある。「推理ファイル」の単行本としては『恐竜の謎』『昆虫の謎』『人類の謎』を執筆。